In 1246 verleende graaf Willem II van Holland Delft stadsrechten. De bouw van de tweede kerk van Delft, de Nieuwe Kerk, begon in 1381. Tot 1420 stond er een houten kerk gewijd aan Maria. De stenen kerk werd pas voltooid in 1510. In en rond de kerk werden de doden begraven.
1536
De Nieuwe Kerk heeft heel wat doorstaan. Allereerst was er de stadsbrand van 1536 waarbij 75% van de stad werd verwoest. Hierbij ging vrijwel het gehele kerk- en stadsarchief verloren waardoor we weinig informatie hebben over onze bewoners. Zo weten we ook vrijwel niets over de pestepidemie in de periode 1557-1565 waarbij ruim 30% van de bevolking het leven verloor. Tijdens de Beeldenstorm is een groot deel van het interieur van de kerk vernield. In de Tachtigjarige Oorlog (1568-1648) was de stad het centrum van het verzet tegen de Spanjaarden. Willem van Oranje werd in 1584 in het Prinsenhof vermoord en kreeg een schitterend praalgraf in de Nieuwe Kerk ontworpen door Hendrick de Keyser. Vanaf die tijd werden de leden van het huis Oranje-Nassau bijgezet in de grafkelders van de kerk.
1654
De ontploffing van het Kruithuis in 1654 veroorzaakte enorme schade: 500 huizen gingen in vlammen op en de Nieuwe Kerk werd zwaar beschadigd. Ook toen ging weer veel informatie over onze geliefde stad verloren. De toren werd in de 19e eeuw door de bliksem getroffen en hersteld naar het ontwerp van P. Cuypers. Daarna braken rustiger tijden aan.
2016
Helaas wordt de kerk nu opnieuw bedreigd: ons nationale monument dreigt na een ingrijpende verbouwing een festiviteitenhal te worden voor zo’n 600 bezoekers: de kerkbanken verdwijnen, zo ook de kroonluchters. In en buiten de kerk zullen ruim 2000 skeletten van onze voorouders, jong en oud, arm en rijk, geruimd worden. Vrijwel alle stoffelijke resten zullen in een massagraf verdwijnen. Onder en naast de kerk komt een enorme faciliteitenkelder van 550 m2, grondverzet: 4185 m3, dat zijn 418 vrachtwagens van 10 m3. Daardoor zal weer kostbare informatie over onze bevolking verloren gaan. Dit uitzonderlijke, 500 jaar oude archief, het bodemarchief, dreigt vernietigd te worden. Daarom is onderzoek zo belangrijk: DNA- en isotopenonderzoek bieden informatie over leeftijdsopbouw, geslacht, verwantschap, migratie (o.a. over de komst van Vlamingen eind 16e, begin 17e eeuw), voedselconsumptie, ziekten, leefomstandigheden en begrafenisrituelen, kortom: unieke informatie over onze stadgenoten die niet verloren mag gaan. Als het tegenzit komt dat onderzoek er niet of nauwelijks. We verliezen dan weer een deel van onze geschiedenis en daarmee een deel van onze identiteit. Daarom is er op 18 januari 2016 een rechtszaak van de Oudheidkundige Werkgemeenschap Delft (OWD) en de Archeologische Werkgemeenschap Nederland (AWN) tegen het bestuur van de Protestantse Gemeente Delft en de Gemeente Delft.