De Protestantse Gemeente Delft (PGD) heeft toestemming van het college van B en W gekregen voor de aanleg van een grote faciliteitenkelder (550 m2) onder de Nieuwe Kerk. De kelder komt deels binnen, deels buiten de kerk te liggen. Hiervoor zullen ruim 2100 skeletten moeten worden geruimd. Volgens de wet moet de verstoorder betalen. De PGD wil hier hooguit € 300.000,- aan besteden. Dit bedrag is veel te laag. Archeologie Delft, de gemeentelijke archeologische dienst, heeft hierover dan ook een negatief advies uitgebracht, maar het college van B en W heeft dit advies naast zich neergelegd. De reden is dat de gemeente niet wil bijspringen in de excessieve kosten die zij zelf in de voorschriften van het bestemmingsplan heeft gezet.
Binnen de kerk gaat het om ruim 800 graven, buiten de kerk om 1300. Van de graven binnen de kerk wordt 10 tot 20% onderzocht, dat zijn er 80 tot 160. De rest, dat zijn er 1940 tot 2020, zal niet gedocumenteerd worden en geruimd. De resten verdwijnen in een massagraf; dat zal volgens de PGD met respect gebeuren. Als dit project doorgaat, is het voor andere gemeenten een vrijbrief om in de toekomst verplicht wetenschappelijk onderzoek niet of onvoldoende te bekostigen.
De graven bevatten de geschiedenis van 500 jaar teraardebestelling in Delftse bodem. Het onderzoek zal een schat aan informatie opleveren over leven en dood van gewone mannen, vrouwen en kinderen. Daarom zijn de Oudheidkundige Werkgemeenschap Delft (OWD) en de AWN (Vereniging van Vrijwilligers in de Archeologie) een rechtszaak begonnen tegen de vergunningverlening.
Eigenlijk zou deze kelder er helemaal niet moeten komen. De Nieuwe Kerk is met het graf van Willem van Oranje en de koninklijke grafkelders een nationaal icoon, waarin een faciliteitenkelder niet op zijn plaats is. De graven kunnen dan intact worden gelaten. Archeologen zijn geen hobbyisten. Zij graven alleen op als het bodemarchief vernietigd dreigt te worden.