De Rechtbank in Den Haag heeft op 9 juli 2015 een voorlopige voorziening getroffen in de zaak tussen Delft en de Nederlands Hervormde Kerk (NHK) enerzijds en de Oudheidkundige Werkgemeenschap Delft (OWD) en de Vereniging van Vrijwilligers in de Archeologie (AWN) anderzijds. De gemeente Delft had de NHK toestemming gegeven om een kelder onder de Nieuwe Kerk te bouwen, waarbij zonder gedegen onderzoek 2.100 historische graven geruimd moeten worden. De gemeentelijke archeologische dienst, had een negatief advies uitgebracht, maar het college van B en W heeft dit advies naast zich neergelegd. De voorziening betekent dat de Rechtbank gebruik heeft gemaakt van haar mogelijkheid een genomen besluit door het bestuursorgaan, hier het college van B en W van Delft, voorlopig ongedaan te maken. De Rechtbank vond het besluit van de NHK dat het financiële belang boven het archeologische belang gaat onvoldoende gemotiveerd, dit gecombineerd met het negatieve advies van Erfgoed Delft en de onomkeerbaarheid van de vernietiging van het bodemarchief.
De kerk kreeg in juni van het college van B en W toestemming voor de aanleg van een grote faciliteitenkelder (550 m2) onder de Nieuwe Kerk. De kelder zou deels binnen, deels buiten de kerk komen te liggen. Hiervoor moeten ruim 2100 skeletten worden geruimd, wettelijk gezien moet de kerk het archeologisch onderzoek betalen, de verstoorder betaalt. De kerk wil hier echter hooguit €300.000,- aan besteden. Dit bedrag is veel te laag. Archeologie Delft, de gemeentelijke archeologische dienst, heeft hierover dan ook een negatief advies uitgebracht, maar het college van B en W heeft dit advies naast zich neergelegd. De reden is dat de gemeente niet wil bijspringen in de excessieve kosten die zij zelf in de voorschriften van het bestemmingsplan heeft gezet.
Binnen de kerk gaat het om ruim 800 graven, buiten de kerk om nog eens 1300. Van de graven binnen de kerk wordt 10 tot 20% onderzocht, dat zijn er 80 tot 160. De rest, dat zijn er 1940 tot 2020, zal niet worden gedocumenteerd en worden geruimd. De resten verdwijnen in een massagraf; dat zal volgens de kerk met respect gebeuren. Als dit project doorgaat, is het voor andere gemeenten een vrijbrief om in de toekomst verplicht wetenschappelijk onderzoek niet of onvoldoende te bekostigen.
De graven bevatten de geschiedenis van 500 jaar teraardebestelling in Delftse bodem. Het onderzoek zal een schat aan informatie opleveren over leven en dood van gewone mannen, vrouwen en kinderen. Daarom zijn de Oudheidkundige Werkgemeenschap Delft (OWD) en de AWN (Vereniging van Vrijwilligers in de Archeologie) een rechtszaak begonnen tegen de vergunningverlening.
Eigenlijk zou deze kelder er helemaal niet moeten komen. De Nieuwe Kerk is met het graf van Willem van Oranje en de koninklijke grafkelders een nationaal icoon, waarin een faciliteitenkelder niet op zijn plaats is. De graven dienen intact te worden gelaten.